![]() 増強された非共有的受容体結合のための方法および組成物
专利摘要:
本発明は、受容体結合性リガンドを、該リガンド、および該受容体に対する別のリガンド(第1のリガンドの第2のコピー、または第2の異なるリガンド)、受容体自身、またはその両者のいずれかと非共有的に結合する、小分子(すなわち、ペプチドでない有機分子)またはペプチドであり得る有機分子と接触させるステップ(in vitroまたはin vivo)を特徴とする。例示的なリガンド/受容体のペアとしては、FGF−2/FGF−R1およびEPO/EPO−Rが挙げられる。本発明はさらに、種々の臨床状態を治療するための医薬組成物およびそのような組成物の使用方法も特徴とする。 公开号:JP2011513206A 申请号:JP2010541556 申请日:2009-01-05 公开日:2011-04-28 发明作者:シャレット,マーク;フィンクルシュテイン,セス,ピー.;レイ,ソウミャ 申请人:バイオトロフィックス,インコーポレーテッド; IPC主号:C07K14-705
专利说明:
[0001] 本発明は、受容体結合性リガンドを、該リガンド、および該受容体に対する別のリガンド(第1のリガンドの第2のコピー、または第2の異なるリガンド)、受容体自身、またはその両者のいずれかと非共有的に結合する、小分子(すなわち、ペプチドでない有機分子)またはペプチドであり得る有機分子と接触させるステップ(in vitroまたはin vivo)を特徴とする。例示的なリガンド/受容体のペアとしては、FGF−2/FGF−R1およびEPO/EPO−Rが挙げられる。本発明はさらに、種々の臨床状態を治療するための医薬組成物およびそのような組成物の使用方法も特徴とする。] [0002] 関連出願への相互参照 本出願は、2008年1月4日提出の米国仮出願第61/010,007号(参照により本明細書中に組み入れられる)の優先権を主張する。] 背景技術 [0003] 多くのリガンドが二量体としてその受容体に結合する。その例には、塩基性線維芽細胞成長因子(bFGF、FGF−2)、トランスフォーミング成長因子ベータ(TGF−β)、エリスロポエチン(EPO)、顆粒球コロニー刺激因子(G−CSF)、および成長ホルモン(GH)が含まれる。一部の例では、共有結合によって単量体を共に連結して二量体を形成させると、受容体に対するリガンド結合が増強され、その結果としてのシグナル伝達が増強されることが示されている。いくつかの特許出願は、そのような共有結合によって連結されたリガンド二量体を記載している。] 発明が解決しようとする課題 [0004] 発明の要旨 リガンド単量体同士が共有的に結合している、増強された結合性の二量体化リガンドを作製するのではなく、発明者らは、有機分子と1以上のリガンド単量体および、一部の例では、受容体自身を含む、受容体媒介性細胞プロセスに関与する別の分子との間の非共有結合の形成、例えばファンデルワールス力または静電相互作用によって、増強された受容体結合性を生じさせる。有機分子−リガンド相互作用の結果、リガンド/受容体「オンタイム(on time)」が増加し、シグナル伝達が増強され、生物学的/治療的活性が増加する。] 課題を解決するための手段 [0005] したがって、概して、本発明は、受容体結合性リガンドを、該リガンド、および該受容体に対する別のリガンド(第1のリガンドの第2のコピー、または第2の異なるリガンド)、受容体自身、またはその両者のいずれかと非共有的に結合する、小分子(すなわちペプチドでない有機分子)またはペプチドであり得る有機分子と接触させるステップ(in vitroまたはin vivo)を特徴とする。] [0006] 本発明の一態様では、それは、細胞性受容体への第1のリガンドの結合を増強する方法であって、該第1のリガンドを、第1のリガンドに非共有的に結合し、かつ(i)該受容体に対する第2のリガンド(第1のリガンドと同じであってもなくてもよい)または(ii)受容体自身のいずれかと非共有的に結合する外因性の有機分子と接触させることによる方法を特徴とする。前記接触ステップは、in vitro、in vivo、またはin silicoで行うことができる。] [0007] 関連する態様では、本発明は、ヒト患者の臨床状態を治療する方法であって、細胞性受容体に対する第1のリガンドに非共有的に結合し、かつ(i)該受容体に対する第2のリガンド(第1のリガンドと同じであってもなくてもよい)または(ii)受容体自身のいずれかと非共有的に結合することにより該受容体への該第1のリガンドの結合を増強する有機化合物を、該臨床状態を治療するのに十分な量で該患者に投与することによる方法を特徴とする。典型的な臨床状態には、脳血管疾患、末梢血管疾患、および心血管疾患ならびに貧血が含まれる。] [0008] さらに、本発明は、細胞性受容体への第1のリガンドの結合を増強する有機分子を特定する方法であって、該有機分子が、該第1のリガンド、および(i)該受容体に対する第2のリガンド(第1のリガンドと同じであってもなくてもよい)または(ii)受容体自身のいずれかと非共有的に結合することにより、該受容体への該第1のリガンドの結合の増強をもたらすか否かをin silicoで決定することによる方法を特徴とする。この方法では、該有機分子を、水素結合ドナーの存在、水素結合アクセプターの存在、分子量、元素組成、溶解度、反応性、安定性、毒性、および親油性のうちの1以上などの化学的特性および物理的特性に基づいてライブラリーから選択してよい。該有機分子は、C、O、N、S、P、F、Cl、Br、I、B、Na、K、Mg、およびCaより選択される元素のみを含有してもよい。] [0009] 前記有機分子を使用して、患者に投与するためのリガンド含有複合体を製造することができ、または、より好ましくは、それらを患者に(好ましくは経口で)投与して、投与後に該患者の体内で例えばFGF−2またはEPOの非共有的結合が生じるようにすることができる。したがって、本発明は、細胞性受容体に対する第1のリガンドならびに/または該第1のリガンドおよび(i)該受容体に対する第2のリガンド(第1のリガンドと同じであってもなくてもよい)または(ii)受容体自身のいずれかと非共有的に結合して該受容体への該第1のリガンドの結合を増強する有機分子;および(c)製薬上許容される担体を含む医薬組成物を特徴とする。さらに、本発明は、製薬上有効量の図3、4、12、または13の化合物を、製薬上許容される担体と共に含む医薬組成物を特徴とする。] [0010] また、本発明は、各EPO分子が2つの他のEPO分子と非共有的に結合している4つのEPO分子の四量体を特徴とする。該四量体は、2以上のEPO分子間の非共有結合の形成を安定化する2つの外因性有機分子をさらに含んでよい。2セットの2分子のEPOは、好ましくは、Ala−1、Pro−2、Pro−3、Arg−4、Leu−5、Ile−6、Cys−7、Asp−8、Cys−161、Arg−162、Thr−163、Gly−164、Asp−166、および/またはArg−167を介して非共有的に結合している。該四量体中に存在する任意の外因性有機分子は、2分子のEPOのそれぞれの1以上の前記残基と非共有的に結合して、2つのEPO分子の結合を増強することができる。] [0011] 第1のリガンドは、例えば、ペプチド(30アミノ酸未満)、ポリペプチド(31〜100アミノ酸の範囲)、またはタンパク質(100アミノ酸を超える)である。好ましい実施形態では、第1のリガンドはFGF−2またはEPOであり、かつ受容体はFGF−R1またはEPO−Rである。2以上のリガンド群および/またはリガンドおよびその受容体の間の典型的な相互作用部位には、(i)FGF−2のAsn−27、Arg−120、Thr−121、Lys−125、Lys−129、Gln−134、Lys−135、およびAla−136;およびFGF−R1のGlu−159、Lys−160、Lys−163、Lys−172、Thr−173、Phe−176、Lys−177、Lys−207、Val−208、Arg−209、Thr−212、Ile−216、Met−217、Asp−218、およびSer−219;(ii)FGF−2のArg−97、Leu−98、Glu−99、Ser−100、Asn−101、およびAsn−102;およびFGF−R1のPro−169、Ala−170、Ala−171、Asp−217、Ser−218、Val−219、Val−220、Pro−221、Ser−222、Asp−223、Val−248、Glu−249、Arg−250、およびSer−251;(iii)2分子のEPOのそれぞれのAla−1、Pro−2、Pro−3、Arg−4、Leu−5、Ile−6、Cys−7、Asp−8、Cys−161、Arg−162、Thr−163、Gly−164、Asp−166、およびArg−167;(iv)EPO−RのThr−148、Pro−149、Met−150、Thr−151、Ser−152、His−153、Arg−154、Leu−175、Glu−176、Gly−177、およびArg−178;およびEPOのAsp−8、Ser−9、Arg−10、Val−11、Leu−12、Glu−13、Arg−14、Tyr−15、Leu−16、Leu−17、Glu−18、Ala−19、Lys−20、Glu−21、Ala−22、Glu−23、およびLys−24が含まれる。本発明の有機分子は、好ましくは、リガンド群および/またはリガンドおよび受容体のそれぞれの少なくとも1つの前記残基と結合する。他の実施形態では、該有機分子は、2つのリガンド群またはリガンドおよび受容体の間の少なくとも2、3、4、5またはそれ以上の残基と結合する。有機分子は同様に受容体の複数の分子と結合してもよい。理解されるように、被験体間の生物学的多様性(biological variability)は、上記で特定される残基の1つの不存在または上記で特定される残基の1つへの変化を生じさせるかもしれない。本発明は、すべての生物学的形式のFGF−2およびEPOの受容体結合を増強するための有機分子の使用を包含する。] [0012] 特定の実施形態では、該有機分子は、該有機分子の不存在下でのオフレート(off-rate)と比較してリガンド/受容体結合のオフレートを2、5、10、100倍、またはそれ以上低下させる。あるいは、またはさらに、該有機分子はリガンドおよび/または受容体に5〜200kJ/molの強度で結合する。他の実施形態では、該有機分子はペプチドではなく、150〜5,000の範囲の分子量を有する。] [0013] 他の特徴および利点は以下の説明、図面、および特許請求の範囲から明らかになる。] 図面の簡単な説明 [0014] 図1は、FGF−2/FGF−R1部位Iの描写である;有機分子はこの部位で2つのFGF−2リガンドおよび2つのFGF−R1受容体分子に同時に結合することができる。 図2は、FGF−2/FGF−R1部位IIの描写である;有機分子はこの部位で2つのFGF−2リガンドおよび2つのFGF−R1受容体分子に同時に結合することができる。 図3は、図1の部位Iに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図3は、図1の部位Iに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図3は、図1の部位Iに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図3は、図1の部位Iに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図3は、図1の部位Iに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図3は、図1の部位Iに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図4は、図2の部位IIに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図5は、図1の部位Iに結合する有機分子の描写である。図に示されるように、該分子は一般的な構造上の特徴を共有する。 図6は、図2の部位IIに結合する有機分子の描写である。図に示されるように、該分子は一般的な構造上の特徴を共有する。 図7は、図1の部位Iに結合している代表的な分子の描写である。 図8は、図2の部位IIに結合している代表的な分子の描写である。 図9は、EPO/EPO−R部位Iの描写である;有機分子は2つのEPO分子に同時に結合することができる。 図10は、EPO/EPO−R部位IIの描写である;有機分子は1つのEPO分子および2つのEPO−R受容体分子に同時に結合することができる。 図11は、EPOの非共有結合性四量体の描写である。 図12は、図9の部位Iに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図12は、図9の部位Iに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図12は、図9の部位Iに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図13は、図10の部位IIに結合可能であるとin silicoで特定された有機分子の表である。 図14は、図9の部位Iに結合する有機分子の描写である。図に示されるように、該分子は一般的な構造上の特徴を共有する。 図15は、図10の部位IIに結合する有機分子の描写である。図に示されるように、該分子は一般的な構造上の特徴を共有する。 図16は、図9の部位Iに結合している代表的な分子の描写である。 図17は、図10の部位IIに結合している代表的な分子の描写である。 図18は、漸増濃度のヘパリンの存在下でのFGF−2活性の増加を示すグラフである。] 図1 図10 図11 図13 図14 図15 図16 図17 図18 図2 実施例 [0015] 概して、本発明は、有機分子が、受容体へのリガンドの結合を増強する方法および組成物を提供する。例えば、複数のリガンド(同一または異なるリガンド)に非共有的に結合して二量体またはより大きいポリマー、例えば四量体を形成させる有機分子によって、またはリガンド(または複数のリガンド)および受容体(または複数の受容体)に非共有的に結合する有機分子によって、増強が生じる。これらのタイプの非共有結合性相互作用の組み合わせも本発明に含まれる。] [0016] 特定のリガンドに結合する有機分子(本明細書中で化合物と称されることもある)の能力は、本明細書中に記載の手順およびアッセイを使用して決定することができる。本明細書中に記載の多数の個々の化合物および化合物クラスは広範に研究されており、化合物は、商業的に購入するか、または有機化学の技術分野において周知の手順を使用して合成することができる。本発明の有機分子はin silicoで設計することもできる。化合物が2つのリガンド分子群および/またはリガンドおよびその受容体の界面の部位に結合するように該化合物を選択または設計する。本発明の化合物を選択または設計するためのいくつかの方法が存在することを当業者は認識する。例えば、US2006/0194821を参照されたい。この設計または選択は、界面の結合部位を占める種々の部分の選択で開始することができる。] [0017] 個々の界面の結合部位を占める部分を選択するためのいくつかの方法が存在する。これらの方法には、活性部位の物理モデルまたはコンピュータモデルの目視検査および選択された部分のモデルの、種々の結合部位へのマニュアルドッキングが含まれる。当技術分野において周知でかつ利用可能なモデリングソフトウェアを使用してもよい。これらのソフトウェアには、QUANTA(Molecular Simulations, Inc., Burlington, Mass.)、およびSYBYL(Molecular Modeling Software, Tripos Associates, Inc., St. Louis, Mo.)が含まれる。このモデリングステップ後、CHARMMおよびAMBER(AMBER:Weiner, et al., J. Am. Chem. Soc. 106:765 (1984);CHARMM:Brooks, et al., Comp. Chem. 4:187 (1983))などの標準分子力学の力場でのエネルギー最小化を行うことができる。] [0018] さらに、完全分子または分子断片を結合部位に最適に配置するプロセスを補助するためのいくつかの、より特殊化されたコンピュータプログラムが存在する。これらのソフトウェアには、GRID(Goodford, J. Med. Chem. 28:849-857 (1985), Oxford University, Oxford, UKから入手可能);MCSS(Miranker, et al., Proteins: Structure, Function and Genetics 11, 29-34 (1991), Molecular Simulations, Burlington, Mass.から入手可能);およびDOCK(Kuntz, et al., J. Mol. Biol. 161:269-288 (1982), DOCKはthe University of California, San Francisco, Calif.から入手可能である)が含まれる。] [0019] 好適な結合配向が選択されたら、生物学的評価のために完全分子を選択することができる。分子断片の場合、それらを化合物に組み立てることができる。この組み立ては、種々の部分を中心骨格に連結することによって達成することができる。組み立てプロセスは、例えば、目視検査およびその後の、QuantaまたはSyby1などのソフトウェアをやはり使用するモデル構築によって行うことができる。いくつかの他のプログラムを使用して、種々の断片を連結する方法の選択を支援してもよい。これらのプログラムには、CAVEAT(Bartlett, et al. In Molecular Recognition in Chemical and Biological Problems, Special Pub., Royal Chem. Soc. 78: 182-196 (1989))、3Dデータベース系、例えばMACCS−3D(MDL Information Systems, San Leandro, Calif.、Martin(J. Med. Chem. 35: 2145 (1992))、およびHOOK(Molecular Simulations, Burlington, Mass.)が含まれる。] [0020] 上記のコンピュータ支援化合物モデリングに加えて、空の活性部位を使用して本発明の化合物を「新規」構築することができる。そのような方法は当技術分野において周知である。該方法には、例えば、LUDI(Bohm, J. Comp. Aid. Molec. Design. 6:61-78 (1992), LUDIはBiosym Technologies, San Diego, Calif.から入手可能である)、LEGEND(Nishibata, Tetrahedron 47:8985 (1991), LEGENDはMolecular Simulations, Burlington, Mass.から入手可能である)、およびLeapFrog(Tripos Associates, St. Louis, Mo.から入手可能)が含まれる。薬物のモデリングに一般に使用されるいくつかの技術を使用することができる(例えば、Cohen, et al., J. Med. Chem. 33:883 (1990); Navia, et al., Current Opinions in Structural Biology 2:202 (1992); Baldwin, et al., (J. Med. Chem. 32:2510 (1989); Appelt, et al., J. Med. Chem. 34:1925 (1991); およびEalick, et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA 88, 11540 (1991))。] [0021] 種々の慣用の技術を使用して、上記評価ならびにリガンド−受容体結合を増強する活性に関する候補化合物のスクリーニングに必要な評価のそれぞれを実行することができる。一般に、これらの技術は、所定の部分の位置および結合近接性(binding proximity)、結合化合物の占有スペース、化合物とリガンド/受容体との間の相補的(complementary)接触面の量、受容体への化合物の結合において生成する変形エネルギーの概算、および化合物/受容体結合によって生じる水素結合強度および/または静電相互作用エネルギーの概算を測定することを含む。上記評価に有用な公知の学問分野の例には、量子力学、分子力学、分子動力学、モンテカルロサンプリング(Monte Carlo sampling)、システマティックサーチ(systematic searches)、およびディスタンス・ジオメトリー法(distance geometry methods)(Marshall, Ann. Rev: Pharmacol. Toxicol. 27:193 (1987))が含まれる。上記特性に関する化合物のin silicoスクリーニングで使用するためのコンピュータソフトウェアが開発されている。その例には、Gaussian(M. J. Frisch, Gaussian, Inc., Pittsburgh, Pa.,);AMBER;QUANTA/CHARMM(Molecular Simulations, Inc., Burlington, Mass.);Insight II/Discover(Biosysm Technologies Inc., San Diego, Calif.);およびGLIDEを含むSchrodinger First Discovery Suite(Schrodinger, Inc., Portland, OR)が含まれる。] [0022] 本発明では、異なるクラスの化合物を、リガンド−リガンドおよび/またはリガンド−受容体結合部位の種々の結合領域と同様に相互作用させることができる。本発明の異なるクラスの化合物は異なる骨格またはコア構造を使用してもよく、任意の該異なる骨格またはコア構造は、結合に必要な特異的相互作用が達成されるように必要な部分が結合部位中に配置されることを可能にする。] [0023] 以下、2つの生物活性タンパク質、線維芽細胞成長因子−2(FGF−2)およびエリスロポエチン(EPO)に関して、非共有結合性相互作用によってリガンド−受容体結合を増強する有機分子を特定して使用するプロセスを例証する。] [0024] FGF−2 FGF−2/FGF−2受容体(FGF−R1)複合体の分子モデルを、この複合体の公開されている結晶構造に基づいて構築した(図1および2)(pdb code 1FQ9; Schlessinger et al. Mol.Cell 6: 743-750 (2000))。これらのモデルは、受容体に結合している場合のFGF−2単量体のごく近位を示し、有機分子が結合する2つの部位が特定された。部位I(図1)では、有機分子が結合する以下のアミノ酸:FGF−2の:Asn−27、Arg−120、Thr−121、Lys−125、Lys−129、Gln−134、Lys−135、Ala−136;ならびにFGF−R1の:Glu−159、Lys−160、Lys−163、Lys−172、Thr−173、Phe−176、Lys−177、Lys−207、Val−208、Arg−209、Thr−212、Ile−216、Met−217、Asp−218、およびSer−219を特定した。本発明の有機分子は、好ましくは、各FGF−2分子およびFGF−R1分子の前記残基の少なくとも1つに非共有的に結合する。図1に示されるように、有機分子は2分子のFGF−2および2分子のFGF−R1に同時に結合することができる。] 図1 [0025] 部位II(図2)では、有機分子が結合する以下のアミノ酸:FGF−2の:Arg−97、Leu−98、Glu−99、Ser−100、Asn−101、およびAsn−102;ならびにFGF−R1の:Pro−169、Ala−170、Ala−171、Asp−217、Ser−218、Val−219、Val−220、Pro−221、Ser−222、Asp−223、Val−248、Glu−249、Arg−250、およびSer−251を特定した。本発明の有機分子は、好ましくは、各FGF−2分子およびFGF−R1分子の前記残基の少なくとも1つに非共有的に結合する。図2に示されるように、有機分子は2分子のFGF−2および2分子のFGF−R1に同時に結合することができる。] 図2 [0026] 受容体へのFGF−2の結合を増強する有機分子を特定するための典型的な方法は以下の通りである。RedHat Linux(Fedora Version 7)が起動している3.2GhzのPCですべての計算を行った。発明者らは、有機分子の初期特定に表1に列挙されるライブラリを用いた。発明者らは、「Lipinski Rule of Five」(Adv Drug Del Rev 23: 3-25 (1997))を満たす分子に関して選択するための、特性に基づくフィルタリングを使用したが、元のLipinski値と比較して緩やかな閾値(水素結合ドナー≧5;水素結合アクセプター≧10;100≧分子量≧800;ClogP≧7)を用いて、浪費される化合物を最小にした。Lipinskiルールでのフィルタリング後、ライブラリーをさらにフィルタリングして、重金属を含有する化合物を除去し;C、O、N、S、P、F、Cl、Br、I、B、Na、K、Mg、およびCaより選択される元素を有する化合物のみをさらなるプロセシングのために保持した。フィルタリングされたサブセットをSchrodinger First Discovery Tool(Schrodinger Inc.)のligprepモジュールで処理し、対イオンを除去し、電荷状態を調節し、適用可能な場合にはいつでも互変異性体を作製した。bminモジュールを使用して、各データベース中のすべての化合物に関するエネルギー最小化構造を生成した。] [0027] 最終データベースをmaestro(Schrodinger Inc.の独自形式)で保存した。FGF−2と複合体形成したFGF−R1受容体構造(1evt.pdb)に水素原子を付加し、エネルギーを最小化した。ドッキング計算の格子の作製のための質量の中心として残基179を選択した。] [0028] プログラムGlide(Schrodinger First Discovery Suiteの一部分)をドッキングに使用した。デフォルトGlideパラメータを使用して第1のメインドッキング作業を行った。最初のラウンドのドッキング計算のためにデータベースあたりglidescoreによって分類された最大5000分子を要求した。第1ラウンドのドッキングから得られたコレクションを組み合わせてトータルで32,214分子を得た。これらの分子を「高精度(extra-precision)」モードのGLIDEで再びドッキングした。該モードでは、荷電基および強い極性基が溶媒に適切に露出されることなどの確立された原理に違反する複合体に厳格なペナルティを要求する。このラウンドのドッキングで最大500ポーズを要求した。計算を容易にするために、paraglideユーティリティーを使用してメイン作業をサブ作業に分割して、デュアルコアプロセッサコンピュータでのパラレルプロセシングを可能にした。] [0029] この方法によって特定された化合物を部位Iに関して図3に示し、部位IIに関して図4に示す。部位Iおよび部位IIでの複数の化合物のドッキングされた構造を図5および図6に示す。図に示されるように、有機分子は、受容体および両側の2分子のFGF−2と広範囲にわたって接触する。図7は、代表的な化合物の、部位IでのFGF−2およびFGF−R1との水素結合形成を示し、図8は、代表的な化合物の、部位IIでのFGF−2およびFGF−R1との水素結合形成を示す。] 図4 図5 図6 図7 図8 [0030] in silicoまたは他の方法によって特定された有機分子を、例えば最大下濃度のFGF−2の存在下で、FGF−2受容体シグナル伝達のアップレギュレーションを検査するためのin vitroアッセイでさらにスクリーニングすることができる。典型的なin vitroアッセイを下に挙げる。このアッセイによって特定された候補を、特定の疾患のin vivoアッセイ、例えばげっ歯類の機能的卒中回復に進めることができる。] [0031] EPO 同様のストラテジーを適用して、EPOとEPO受容体(EPO−R)との間の結合を増強する有機分子を特定した。EPO/EPO−R複合体の分子モデルを、この複合体の公開されている結晶構造および共有結合性二量体からの実験結果に基づいて構築した(図9および10)(pdb code 1EER; Syed et al. Nature 395: 511-516 (1998))。これらのモデルによって有機分子に関する2つの結合部位が特定された。さらに、発明者らは、EPOが非共有結合性二量体を形成できる2つの領域を特定した。これらの両領域で同時に二量体化すると、非共有結合性EPO四量体が形成される(図11)。部位Iに結合する有機分子は、2つのEPO分子にそのN−C末端で同時に結合することによって二量体/四量体形成を促す。部位I(図9)では、有機分子が結合する以下のアミノ酸:Ala−1、Pro−2、Pro−3、Arg−4、Leu−5、Ile−6、Cys−7、Asp−8、Cys−161、Arg−162、Thr−163、Gly−164、Asp−166、およびArg−167を特定した。本発明の有機分子は、好ましくは、2つのEPO分子のそれぞれの前記残基の少なくとも1つに非共有的に結合する。図9に示されるように、四量体が形成される場合、2つの有機分子はそれぞれ、2分子のEPOに同時に結合することができる。] 図11 図9 [0032] 部位II(図10)では、有機分子が結合する以下のアミノ酸:EPOの:Asp−8、Ser−9、Arg−10、Val−11、Leu−12、Glu−13、Arg−14、Tyr−15、Leu−16、Leu−17、Glu−18、Ala−19、Lys−20、Glu−21、Ala−22、Glu−23、およびLys−24;ならびにEPO−Rの:Thr−148、Pro−149、Met−150、Thr−151、Ser−152、His−153、Arg−154、Leu−175、Glu−176、Gly−177、およびArg−178を特定した。本発明の有機分子は、好ましくは、各EPO分子およびEPO−Rの前記残基の少なくとも1つに非共有的に結合する。図10に示されるように、有機分子は1分子のEPOおよび2つのEPO−R分子に同時に結合することができる。] 図10 [0033] この方法によって特定された化合物を部位Iに関して図12に示し、部位IIに関して図13に示す。部位Iおよび部位IIでの複数の化合物のドッキングされた構造を図14および図15に示す。図に示されるように、有機分子は部位Iで2分子のEPOと広範囲にわたって接触し、部位IIでEPOおよび2つのEPO−R分子と広範囲にわたって接触する。図16は、代表的な化合物の、部位Iでの2つのEPO分子との水素結合形成を示し、図17は、代表的な化合物の、部位IIでのEPOおよび2つのEPO−R分子との水素結合形成を示す。] 図13 図14 図15 図16 図17 [0034] in silicoまたは他の方法によって特定された有機分子を、例えば最大下濃度のEPOの存在下で、EPO受容体シグナル伝達のアップレギュレーションを検査するためのin vitroアッセイでさらにスクリーニングすることができる。このアッセイによって特定された候補を、特定の疾患、例えば貧血のin vivoアッセイに進めることができる。] [0035] 治療方法 本発明の有機分子は、一般に、例えばFGF−2およびEPOに関する、受容体オンタイムの増加(およびゆえにオフタイムの減少)が所望である任意の治療的使用に好適である。有機分子は、典型的に、タンパク質リガンド、例えばFGF−2またはEPOより容易に患者に投与することができる。したがって、本発明の有機分子の投与は、受容体へのリガンドの結合を増強することによるリガンド−受容体複合体の活性のアップレギュレーションのための代替経路を提供する。] [0036] 有機分子の供給源は当技術分野において周知であり、それには、新規合成、天然に存在する化合物の単離または改変、およびライブラリからの選択が含まれる。適切な有機分子の典型的な薬物様特性も周知である。本明細書中に記載のin silicoおよび/またはin vitro法を使用して具体的化合物を特定することができる。] [0037] 原理的に、リガンドとその受容体との間の結合の増強によって影響を受ける任意の医学的障害を本発明の方法によって治療することができる。FGF−2は心血管疾患、脳血管疾患、および末梢血管疾患において有益な効果を有し、卒中後の機能的回復の増強が含まれる。受容体結合の増強によるFGF−2の活性の増加は、ゆえに、卒中回復を含む心血管疾患、脳血管疾患、および末梢血管疾患の治療を提供する。EPOは、いくつかの原因のいずれかを有する貧血を治療するために投与され、該原因には、慢性腎不全(透析を伴うか伴わないかにかかわらない);HIV(例えばジドブジン治療患者);および癌の化学療法による治療が含まれる。また、EPOは外科手術を受けている貧血患者に投与される。EPOおよび/またはその受容体に結合する本発明の有機分子を用いて、これらの適応のすべてに関して内因性または外因性EPOの活性を増加させることができる。] [0038] 本発明の有機分子を、例えば同一部位を標的とする2以上の有機分子として、または異なる部位を標的とする2以上の有機分子として(例えばFGF−2およびEPOに関する部位IおよびII)、互いに組み合わせて用いてもよい。特定の症状に関する他の治療法を伴うかまたは伴わずに有機分子を投与してもよい。特に、FGF−2またはEPOの部位IまたはIIに結合する有機分子を、それぞれ外因性FGF−2またはEPOと共に投与するか、またはFGF−2またはEPO投与の2時間以内に投与することができる。] [0039] 特定の有機化合物に関する用量、タイミング、および投与経路は、標準的技術を使用して、治療法、具体的疾患、および患者の特性に基づいて当業者によって決定される。また、適切な製薬上許容される担体は当技術分野において周知である。] [0040] FGF−2シグナル伝達のアップレギュレーションに関する典型的なin vitroアッセイ 発明者らは、FGF−2に応答する細胞に関する分裂促進アッセイを開発した。該アッセイは最大下濃度のFGF−2(10ng/mL)の存在下で実施される。ヘパリンは、FGF−2活性の公知の増強剤である。漸増濃度のヘパリンに伴ってFGF−2活性が増大するからである(図18)。これらの結果を表9で定量化する。10ng/mLのFGF−2の存在下での72時間のインキュベーション後、10μg/mLのヘパリンを加えると分裂促進活性が58%増大した。] 図18 [0041] 本発明の有機化合物を、このアッセイを使用してFGF−2の増殖刺激に対するその効果に関してアッセイすることができる。本発明の有機分子を投与した場合に増殖量が増大すれば、それが治療物質としての開発の候補化合物であることを示す。例えば、「ヒット」は、10ng/mL FGF−2の存在下(ヘパリン無添加)での、50%超の活性の増加として定義することができる。 アッセイの詳細は以下の通りである。] [0042] ヘパリン対照試験 A.細胞プレーティング 1. 細胞をトリプシン処理する。細胞計数および生存度のために細胞懸濁液の少量のアリコートを取り出す。 2.セロメーター(Cellometer)を使用して細胞をカウントし、細胞生存度を測定する。 2.1 細胞計数:7.57×105細胞/mL 2.2 総細胞:7.57×105細胞/mL×細胞懸濁液11.5mL=8.71×106細胞 2.3 生存度:98.6% 2.4 総細胞:8.71×106×0.986=8.59×106生存細胞 3.トリプシン/トリプシン中和剤/細胞懸濁液を250×gで6分間遠心分離して細胞をペレットにする。上清を吸引する。 3.1細胞ペレットを再懸濁するために使用するDMEM/10% BCS/1% Pen−Strep(培地)の容量を決定する:8,590,000細胞/62,500細胞/mL=培地137mL。 3.2 必要であれば、3.1の結果を10で除算することによって10×希釈を作製する:培地137mL/10=13.7mL。そして、3mLの10×細胞懸濁液を27mLの培地に加える。 4. 80μLの細胞懸濁液を3つの96ウェル組織培養処理プレートの適切なウェルに移す。 5.プレートを37℃/5% CO2で18時間インキュベートする。] [0043] B.血清欠乏 プレートから培地を吸引する。 100μL/ウェルの1×PBSで細胞を1回すすぐ。 80μL/ウェルのDMEM/0.1% BCS/1% Pen−Strep(0.1% BCS培地)を加え、細胞を37℃/5% CO2で24時間インキュベートする。] [0044] C. FGF−2およびヘパリン調製 20mgのヘパリン塊を2.0mLの0.1% BCS培地に溶解して、終濃度10mg/mLにした。 10×ヘパリン溶液の調製: 50μLの10mg/mL溶液を4,950μLの0.1% BCS培地に加えることによって10mg/mLのヘパリン溶液を100μg/mLに希釈した。 10μLの100μg/mL FGF−2ストックを90μLの1×PBS/0.5%BSAに加えることによって1:10中間希釈物を調製し、終濃度10μg/mLにした。 10×FGF−2の調製: 50μLを4,950μLの0.1% BCS培地に加えることによって1:10中間体をさらに希釈し、終濃度100ng/mLにした。500μLを4,500μLの0.1% BCS培地に加えることによって100ng/mL FGF−2溶液を希釈し、終濃度10ng/mLにした。 10×ヘパリン希釈物の調製: 表2に示されるように0.1% BCSを含有する培地中で10×ヘパリンの段階希釈物を調製する。] [0045] 6. 5×ヘパリン/FGF−2希釈物: 等容量の10×FGF−2(ステップ3および4)および10×ヘパリンストック(ステップ5)を混合して、表3および4に示される5×処理中間体を作製する。] [0046] D. Cell Titer AQueous One展開 20μLのCellTiter AQueous One溶液を各処理ウェルに加える。 37℃/5% CO2で1時間インキュベートする。 490nmでプレートを読み取る。] [0047] これらのアッセイの結果を以下の表に示す。] [0048] 他の実施形態 現在好ましい例であるとみなされているものに関して本発明を説明してきたが、本発明は開示されている例に限定されないことが理解されるものとする。反対に、本発明は、特許請求の範囲の思想および範囲内に含まれる種々の改変および等価のアレンジを含むものとする。] [0049] すべての刊行物、特許および特許出願は、個別の各刊行物、特許または特許出願が参照によりその全体が組み入れられると具体的かつ個別に指定されているのと同程度に参照によりその全体がここに組み入れられる。本出願中の用語が、参照により本明細書中に組み入れられている文書において異なって定義されていることが見出された場合、本明細書中で提供される定義が該用語の定義としての役割を果たす。] [0050] 他の実施形態は特許請求の範囲にある。]
权利要求:
請求項1 細胞性受容体への第1のリガンドの結合を増強する方法であって、該リガンドを、該第1のリガンドに非共有的に結合し、かつ(i)該受容体に対する第2のリガンドまたは(ii)該受容体のいずれかと非共有的に結合する外因性の有機分子と接触させ、それにより該受容体への該第1のリガンドの結合を増強させるステップを含む、上記方法。 請求項2 前記接触ステップをinvitroで行なう、請求項1に記載の方法。 請求項3 前記接触ステップがinvivoで生じる、請求項1に記載の方法。 請求項4 前記有機分子がペプチドでない、請求項1に記載の方法。 請求項5 前記有機分子が150〜5,000の分子量を有する、請求項1に記載の方法。 請求項6 第1のリガンドが、ペプチド(30アミノ酸以下)、ポリペプチド(31〜100アミノ酸)、またはタンパク質(100アミノ酸超)である、請求項1に記載の方法。 請求項7 前記有機分子が前記受容体に対する前記第2のリガンドと非共有的に結合する、請求項1に記載の方法。 請求項8 前記有機分子が前記受容体と非共有的に結合する、請求項1に記載の方法。 請求項9 前記有機分子が前記第2のリガンドおよび前記受容体と非共有的に結合する、請求項1に記載の方法。 請求項10 前記有機分子が2分子の前記受容体と非共有的に結合する、請求項1に記載の方法。 請求項11 前記第1のリガンドがFGF−2である、請求項1に記載の方法。 請求項12 前記第1のリガンドがEPOである、請求項1に記載の方法。 請求項13 前記有機分子が、FGF−2のAsn−27、Arg−120、Thr−121、Lys−125、Lys−129、Gln−134、Lys−135、およびAla−136のうちの1箇所;ならびにFGF−R1のGlu−159、Lys−160、Lys−163、Lys−172、Thr−173、Phe−176、Lys−177、Lys−207、Val−208、Arg−209、Thr−212、Ile−216、Met−217、Asp−218、およびSer−219のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項11に記載の方法。 請求項14 前記有機分子が、FGF−2のArg−97、Leu−98、Glu−99、Ser−100、Asn−101、およびAsn−102のうちの1箇所;ならびにFGF−R1のPro−169、Ala−170、Ala−171、Asp−217、Ser−218、Val−219、Val−220、Pro−221、Ser−222、Asp−223、Val−248、Glu−249、Arg−250、およびSer−251のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項11に記載の方法。 請求項15 前記有機分子が、2分子のEPOのそれぞれの、Ala−1、Pro−2、Pro−3、Arg−4、Leu−5、Ile−6、Cys−7、Asp−8、Cys−161、Arg−162、Thr−163、Gly−164、Asp−166、およびArg−167のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項12に記載の方法。 請求項16 前記有機分子が、EPO−RのThr−148、Pro−149、Met−150、Thr−151、Ser−152、His−153、Arg−154、Leu−175、Glu−176、Gly−177、およびArg−178のうちの1箇所;ならびにEPOのAsp−8、Ser−9、Arg−10、Val−11、Leu−12、Glu−13、Arg−14、Tyr−15、Leu−16、Leu−17、Glu−18、Ala−19、Lys−20、Glu−21、Ala−22、Glu−23、およびLys−24のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項12に記載の方法。 請求項17 (a)細胞性受容体に対する第1のリガンドならびに/または(b)該リガンドおよび(i)該受容体に対する第2のリガンドもしくは(ii)該受容体に非共有的に結合して該受容体への該第1のリガンドの結合を増強する有機分子、ならびに(c)製薬上許容される担体を含む医薬組成物。 請求項18 第1のリガンドがFGF−2またはEPOである、請求項17に記載の組成物。 請求項19 前記有機分子が、FGF−2のAsn−27、Arg−120、Thr−121、Lys−125、Lys−129、Gln−134、Lys−135、およびAla−136のうちの1箇所;ならびにFGF−R1のGlu−159、Lys−160、Lys−163、Lys−172、Thr−173、Phe−176、Lys−177、Lys−207、Val−208、Arg−209、Thr−212、Ile−216、Met−217、Asp−218、およびSer−219のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項18に記載の組成物。 請求項20 前記有機分子が、FGF−2のArg−97、Leu−98、Glu−99、Ser−100、Asn−101、およびAsn−102のうちの1箇所;ならびにFGF−R1のPro−169、Ala−170、Ala−171、Asp−217、Ser−218、Val−219、Val−220、Pro−221、Ser−222、Asp−223、Val−248、Glu−249、Arg−250、およびSer−251のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項18に記載の組成物。 請求項21 前記有機分子が、2分子のEPOのそれぞれの、Ala−1、Pro−2、Pro−3、Arg−4、Leu−5、Ile−6、Cys−7、Asp−8、Cys−161、Arg−162、Thr−163、Gly−164、Asp−166、およびArg−167のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項18に記載の組成物。 請求項22 前記有機分子が、EPO−RのThr−148、Pro−149、Met−150、Thr−151、Ser−152、His−153、Arg−154、Leu−175、Glu−176、Gly−177、およびArg−178のうちの1箇所;ならびにEPOのAsp−8、Ser−9、Arg−10、Val−11、Leu−12、Glu−13、Arg−14、Tyr−15、Leu−16、Leu−17、Glu−18、Ala−19、Lys−20、Glu−21、Ala−22、Glu−23、およびLys−24のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項18に記載の組成物。 請求項23 4つの非共有的に結合したEPO分子を含む四量体であって、各EPO分子が2つの他のEPO分子と非共有的に結合している、上記四量体。 請求項24 2以上のEPO分子間の非共有結合の形成を安定化する2つの外因性有機分子をさらに含む、請求項23に記載の四量体。 請求項25 2分子のEPOが、Ala−1、Pro−2、Pro−3、Arg−4、Leu−5、Ile−6、Cys−7、Asp−8、Cys−161、Arg−162、Thr−163、Gly−164、Asp−166、およびArg−167を介して非共有的に結合している、請求項23に記載の四量体。 請求項26 前記有機分子のそれぞれが、2分子のEPOのそれぞれのAla−1、Pro−2、Pro−3、Arg−4、Leu−5、Ile−6、Cys−7、Asp−8、Cys−161、Arg−162、Thr−163、Gly−164、Asp−166、およびArg−167と非共有的に結合する、請求項24に記載の四量体。 請求項27 製薬上有効量の図3、4、12または13の化合物を、製薬上許容される担体と共に含む、医薬組成物。 請求項28 ヒト患者の臨床状態を治療する方法であって、細胞性受容体に対する第1のリガンドに非共有的に結合し、かつ(i)該受容体に対する第2のリガンドまたは(ii)該受容体と非共有的に結合することにより該受容体への該第1のリガンドの結合を増強する有機化合物を、該臨床状態を治療するのに十分な量で該患者に投与し、それにより該臨床状態を治療するステップを含む、上記方法。 請求項29 前記第1のリガンドがFGF−2またはEPOである、請求項28に記載の方法。 請求項30 前記臨床状態が貧血である、請求項28に記載の方法。 請求項31 前記疾患が脳血管疾患である、請求項28に記載の方法。 請求項32 前記脳血管疾患が卒中である、請求項31に記載の方法。 請求項33 前記疾患が心血管疾患または末梢血管疾患である、請求項28に記載の方法。 請求項34 前記有機分子が前記受容体に対する前記第2のリガンドと非共有的に結合する、請求項28に記載の方法。 請求項35 前記有機分子が前記受容体と非共有的に結合する、請求項28に記載の方法。 請求項36 前記有機分子が前記第2のリガンドおよび前記受容体と非共有的に結合する、請求項28に記載の方法。 請求項37 前記有機分子が2分子の前記受容体と非共有的に結合する、請求項28に記載の方法。 請求項38 前記有機分子が、FGF−2のAsn−27、Arg−120、Thr−121、Lys−125、Lys−129、Gln−134、Lys−135、およびAla−136のうちの1箇所;ならびにFGF−R1のGlu−159、Lys−160、Lys−163、Lys−172、Thr−173、Phe−176、Lys−177、Lys−207、Val−208、Arg−209、Thr−212、Ile−216、Met−217、Asp−218、およびSer−219のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項29に記載の方法。 請求項39 前記有機分子が、FGF−2のArg−97、Leu−98、Glu−99、Ser−100、Asn−101、およびAsn−102のうちの1箇所;およびFGF−R1のPro−169、Ala−170、Ala−171、Asp−217、Ser−218、Val−219、Val−220、Pro−221、Ser−222、Asp−223、Val−248、Glu−249、Arg−250、およびSer−251のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項29に記載の方法。 請求項40 前記有機分子が、2分子のEPOのそれぞれの、Ala−1、Pro−2、Pro−3、Arg−4、Leu−5、Ile−6、Cys−7、Asp−8、Cys−161、Arg−162、Thr−163、Gly−164、Asp−166、およびArg−167のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項29に記載の方法。 請求項41 前記有機分子が、EPO−RのThr−148、Pro−149、Met−150、Thr−151、Ser−152、His−153、Arg−154、Leu−175、Glu−176、Gly−177、およびArg−178のうちの1箇所;ならびにEPOのAsp−8、Ser−9、Arg−10、Val−11、Leu−12、Glu−13、Arg−14、Tyr−15、Leu−16、Leu−17、Glu−18、Ala−19、Lys−20、Glu−21、Ala−22、Glu−23、およびLys−24のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項29に記載の方法。 請求項42 細胞性受容体への第1のリガンドの結合を増強する有機分子を特定する方法であって、該有機分子が、該第1のリガンド、および(i)該受容体に対する第2のリガンドまたは(ii)該受容体と非共有的に結合することにより、該受容体への該第1のリガンドの結合の増強をもたらすか否かをinsilicoで決定するステップを含む、上記方法。 請求項43 前記有機分子が化学的特性および物理的特性に基づいてライブラリから選択される、請求項42に記載の方法。 請求項44 前記化学的特性および物理的特性が、以下:水素結合ドナーの存在、水素結合アクセプターの存在、分子量、元素組成、溶解度、反応性、安定性、毒性、および親油性のうちの1以上である、請求項43に記載の方法。 請求項45 前記第1のリガンドがFGF−2またはEPOである、請求項42に記載の方法。 請求項46 前記有機分子が、C、O、N、S、P、F、Cl、Br、I、B、Na、K、Mg、およびCaより選択される元素のみを含有する、請求項42に記載の方法。 請求項47 前記有機分子が前記受容体に対する前記第2のリガンドと非共有的に結合する、請求項42に記載の方法。 請求項48 前記有機分子が前記受容体に非共有的に結合する、請求項42に記載の方法。 請求項49 前記有機分子が前記第2のリガンドおよび前記受容体に非共有的に結合する、請求項42に記載の方法。 請求項50 前記有機分子が2分子の前記受容体と非共有的に結合する、請求項42に記載の方法。 請求項51 前記有機分子が、FGF−2のAsn−27、Arg−120、Thr−121、Lys−125、Lys−129、Gln−134、Lys−135、およびAla−136のうちの1箇所;ならびにFGF−R1のGlu−159、Lys−160、Lys−163、Lys−172、Thr−173、Phe−176、Lys−177、Lys−207、Val−208、Arg−209、Thr−212、Ile−216、Met−217、Asp−218、およびSer−219のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項45に記載の方法。 請求項52 前記有機分子が、FGF−2のArg−97、Leu−98、Glu−99、Ser−100、Asn−101、およびAsn−102のうちの1箇所;ならびにFGF−R1のPro−169、Ala−170、Ala−171、Asp−217、Ser−218、Val−219、Val−220、Pro−221、Ser−222、Asp−223、Val−248、Glu−249、Arg−250、およびSer−251のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項45に記載の方法。 請求項53 前記有機分子が、2分子のEPOのそれぞれの、Ala−1、Pro−2、Pro−3、Arg−4、Leu−5、Ile−6、Cys−7、Asp−8、Cys−161、Arg−162、Thr−163、Gly−164、Asp−166、およびArg−167のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項45に記載の方法。 請求項54 前記有機分子が、EPO−RのThr−148、Pro−149、Met−150、Thr−151、Ser−152、His−153、Arg−154、Leu−175、Glu−176、Gly−177、およびArg−178のうちの1箇所;ならびにEPOのAsp−8、Ser−9、Arg−10、Val−11、Leu−12、Glu−13、Arg−14、Tyr−15、Leu−16、Leu−17、Glu−18、Ala−19、Lys−20、Glu−21、Ala−22、Glu−23、およびLys−24のうちの1箇所と非共有的に結合する、請求項45に記載の方法。
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